В начале двухтысячных годов ни о каком противостоянии между Турцией и Израилем не могло быть и речи: объёмы двусторонней торговли росли с каждым годом, развивалось энергетическое и военное сотрудничество, особенно в области беспилотных летательных аппаратов. Однако после 2003 года ситуация начала меняться: к власти пришла консервативная "Партия свободы и справедливости" во главе с Реджепом Тайипом Эрдоганом, с телеэкранов зазвучала антиизраильская риторика, а отношения с Израилем стали меняться в худшую сторону.
Несмотря на то, что военное сотрудничество продолжалось, в конце нулевых произошло несколько событий, резко подкосивших турецко-израильские отношения. В январе 2009 года премьер-министр Эрдоган на Всемирном экономическом форуме в Давосе обрушился на президента Израиля с резкой критикой по поводу убийства мирных жителей в ходе операции "Литой свинец". После перепалки с израильским президентом Эрдоган демонстративно покинул Давос, заявив, что вряд ли туда вернётся. После этого Перес позвонил ему на мобильный телефон и извинился на случай, если чем-то обидел.
Несмотря на извинения, охлаждение между Турцией и Израилем продолжалось. В октябре 2009 года на государственном турецком телевидении вышел сериал "Расставание", посвящённый истории любви на фоне операции "Литой свинец", содержавший сцены насилия над безоружными палестинцами со стороны израильских солдат. Израиль вызвал турецкого посла для разъяснений, обвинив турецкую сторону в разжигании антисемитизма. В январе 2010 года возмущение Израиля вызвали кадры из фильма "Долина волков. Засада", на которых агенты "Моссада" в исполнении турецких актёров похищают турецких детей и берут в заложники турецкого посла и его семью. Посол Турции в Израиле Ахмет Огуз Челиккол был вызван в МИД Израиля, где ему был оказан унизительный приём и вручена нота протеста. Впоследствии замглавы МИДа Дани Аялон также принёс послу свои извинения за несоблюдение этикета.
Однако окончательный разрыв военного сотрудничества произошёл, как ни странно, из-за отказа принести извинения. 31 мая 2010 года караван кораблей с гуманитарной помощью для жителей сектора Газа "Флотилия свободы" нарушил израильскую морскую блокаду и направился в сторону сектора, отказавшись разгружать гуманитарную помощь в израильском порту Ашдода. Командование Армии обороны Израиля (ЦАХАЛ) приняло решение перехватить управление флотилией и направить его в израильский порт – с этой целью к ней были направлены сторожевые корабли и вертолёты со спецназом. Несмотря на то, что 5 из 6 кораблей удалось перехватить мирно, при высадке группы солдат ЦАХАЛ на борт судна "Мави Мармара", которое шло под флагом Коморских островов, им было оказано ожесточённое сопротивление. В ходе столкновений с вооруженными ножами и арматурой активистами спецназовцы, имевшие при себе пейнтбольные ружья и боевые пистолеты, открыли огонь на поражение, убив девять граждан Турции.
Захват судна "Мави Мармара" спровоцировал полномасштабный международный скандал. Ведущие мировые лидеры, а также Совет Безопасности ООН выразили свою обеспокоенность действиями израильских солдат. По Турции прокатилась волна антиизраильских демонстраций, была предпринята попытка захвата консульства в Стамбуле, турецкий посол был отозван из Израиля, а израильский вызван для дачи разъяснений. Несмотря на это, власти Израиля категорически отказались приносить извинения за действия ЦАХАЛ, подчеркнув, что "из сектора Газа регулярно совершаются обстрелы территории Израиля, поэтому досматривать проходящие туда грузы необходимо из соображений безопасности", а также заявив, что погибшие были не мирными активистами, а хорошо подготовленными наёмниками в бронежилетах и противогазах.
В сентябре 2011 года был опубликован доклад комиссии ООН, где блокада сектора Газа фактически признавалась правомерной, а действия солдат ЦАХАЛ квалифицировались как самооборона перед лицом "организованного и вооружённого сопротивления со стороны группы пассажиров". После этого Турция вновь отозвала из Израиля своего посла, понизила ранг посольства, а также разорвала военное сотрудничество, что не замедлило отразиться на контактах Израиля с НАТО. В сентябре 2011 года глава МИД Турции Ахмед Давутоглу заявил, что Турция помешала Израилю открыть представительство при штаб-квартире НАТО в Брюсселе. А в мае 2012 Израиль не получил приглашение на саммит НАТО в Чикаго – оно было заблокировано представителями Турции. Эти действия способствовали нарастанию атмосферы недоверия между НАТО и его "главным союзником в Средиземноморском регионе". Стратегические угрозы этого дисбаланса вынудили генерального секретаря Североатлантического альянса Андерса Фог Расмуссена напрямую обратиться к представителям Турции с просьбой снять вето в обмен на уступки со стороны других членов Альянса на брюссельском саммите 4 декабря.
Теперь Израиль снова может участвовать в саммитах НАТО, а также осуществлять информационное и научное сотрудничество с Альянсом, включая обмен разведданными. Тем не менее Турция настаивает, что не допустит проведения совместных военных операций с Израилем, а также оставляет за собой право запрещать израильтянам любую деятельность на своей территории. Однако даже такие заявления после двухлетнего похолодания это, безусловно, прогресс.
Стоит отметить, что отмена вето совпала со слухами об использовании сирийской армией химического оружия против повстанцев, а также с поставкой комплексов ПРО "Пэтриот" для защиты турецко-сирийской границы. В совокупности с израильской системой "Железный купол", которая хорошо себя показала во время операции "Облачный столп" 14-21 ноября и при необходимом уровне взаимодействия, эти две системы значительно снижают риск ответного удара по одному из союзников США в случае вмешательства НАТО в сирийскую гражданскую войну. А значит, своевременная отмена турецкого вето может оказаться неслучайной.
