Первые упоминания о таможне датируются IX веком. В летописях появляются упоминания о мыте – таможенной пошлине. В современном понимании российская таможня сформировалась лишь в XVII веке.
В 1653 году царь Алексей Михайлович подписал указ, в котором указывалось сколько взято и с каких товаров в Москве. В уставе 1667 года власти впервые унифицировали торговые и таможенные пошлины. В 1718 году была создана Коммерц-коллегия, которая курировала таможню,
В 1811 году император Александр I учредил Таможенное управление по европейской торговле, в состав которого входило 11 таможенных округов. В 1864 году Департамент внешней торговли Минфина был преобразован в Департамент таможенных сборов, в обязанности которого стало входить составление карт приграничных и прибрежных мест.
В 19 веке морская торговля преобладала в России над сухопутной. Изменилось это только с появлением железных дорог.
В годы Первой мировой войны большинство таможен были закрыты. Функционирование таможенных органов было возобновлено новой властью в 1918 году. Четыре года спустя были утверждены первые советские таможенные тарифы по европейской привозной и вывозной торговле. В 1924 году был принят Таможенный устав СССР.
В 20-30-х годах прошлого века резко сократилось число участников внешнеторговых связей. Это произошло из-за укрепления монополии государства на торговлю.
В 1991 году был образован Государственный таможенный комитет России, который в 2004 году был преобразован в Федеральную таможенную службу (ФТС).
По данным за 2021 год российская таможня перечислила в бюджет государства 7 156 миллиарда рублей, что на 51% больше, чем в 2020 году. Основными торговыми партнерами России являются Китай, Германия, Нидерланды, США, Турция и Италия.