Ракову задержали в октябре 2021 года по подозрению в мошенничестве с деньгами Фонда новых форм развития образования. Позднее были задержаны ректор Московской высшей школы социальных и экономических наук ("Шанинка") Сергей Зуев, гражданский муж Раковой Артур Стеценко, бывшие сотрудники Фонда Евгений Зак и Максим Инкин и другие фигуранты. Следствие считает, что, находясь на посту замминистра просвещения в 2018-2020 годах Ракова организовала выделение Фонду средств на мероприятия в рамках проекта "Учитель года", которые в итоге были похищены.
Экс-чиновница и Зуев, которым инкриминируют пять эпизодов мошенничества в особо крупном размере, содержались под стражей, пока в минувшем ноябре суд не изменил им меру пресечения на домашний арест.
Сегодня ряд источников сообщил, что Ракова за время расследования получила должность в Агентстве стратегических инициатив.