На "Прогрессе МС-29" планируется доставить 2487 кг грузов на Международную космическую станцию (МКС), в том числе 1155 кг аппаратуры и оборудования для систем станции, укладок для научных экспериментов, одежды, питания, медицинских и санитарно-гигиенических средств для экипажа 72-й длительной экспедиции, 869 кг топлива для дозаправки станции, 420 кг питьевой воды для космонавтов и 43 кг азота для пополнения атмосферы МКС.
Также корабль везет на станцию оборудование для научных экспериментов.